甲状腺機能を見るためにTSH,FreeT4,FreeT3を計測します。
また甲状腺に対する免疫異常をみるためにバセドウ病ではTSHレセプター抗体（TRAb）、甲状腺刺激性レセプター抗体（TSAb）、橋本病の有無を診断するためには抗TPO抗体、抗サイログロブリン抗体を計測します。
甲状腺癌・腫瘍の際にはサイログロブリンを腫瘍マーカーとして計測していきます。

甲状腺の腫瘍をみるためには２つの検査が中心になります。１つは甲状腺のエコーで腫瘍の大きさや性状、石灰化や血の流れ、周囲のリンパ節への転移がないかをみていきます。
もう１つがエコー化甲状腺吸引細胞診でありエコーで腫瘍を見ながら針を刺して腫瘍内部の細胞を取って悪性か良性かを判断していきます。

骨密度検査は更年期をすぎた女性によく起きる骨粗鬆症を診断する検査ですが、副甲状腺機能亢進症の場合や糖尿病で骨粗鬆症が起きることがあるので補助的に行っていきます。